Hasta comenzar el siglo X, en que aparece el obispo san Atilano, las noticias son muy confusas. En esta centuria se sufre la invasión árabe, llevada a cabo por los califas Abderramán III, en 939, y Al-Haken, en 963. Tras los ataques de 981 y 984, la plaza de Zamora cae bajo la dominación árabe en 986 y en ella se instala una guarnición musulmana. Acabaría siendo devuelta a Bermudo II. Pero hasta 1121 no se restablece la sede.

Por entonces se suscitó un largo pleito entre el arzobispo de Braga (Portugal) y el de Toledo sobre la jurisdicción que cada uno invocaba como metropolitano, en relación al Obispado de Zamora. El litigio lo resolvió en 1120 el papa Calixto II, declarando al prelado de Zamora exento de cualquier metropolitano. Más tarde, en el pontificado de Eugenio III, insistió en su reclamación el arzobispo de Braga, obteniendo este letras pontificias en favor de su pretensión, que confirmaron los pontífices Adriano IV y Alejandro III.

El arzobispo de Santiago, que tenía en su metrópoli al de Salamanca, reclamó posteriormente sus derechos sobre Zamora, ya que ambas habían pertenecido a los metropolitanos de Mérida, de los que eran sus sucesores los compostelanos, dictándose resolución a favor de estos últimos por Inocencio III.

Desde finales del siglo XI hasta los comienzos del XIII tomó un enorme impulso la construcción de templos en esta diócesis y son numerosos los que se alzaron en la capital en estilo románico. El rey Alfonso VII fue uno de los mayores propulsores de estas iglesias; y a él se debe la iniciación, en 1151, de las obras de la Catedral, con su singular cúpula bizantina, consagrada en 1174, así como el restablecimiento definitivo e ininterrumpido de la diócesis por bula del papa Calixto II.

Las medidas desamortizadoras del siglo XIX supusieron la desaparición de bellísimos monasterios de la diócesis. 

Por el Concordato de 1851, pasó esta diócesis a depender del metropolitano de Valladolid, a la vez que se suprimía la Colegiata de Toro.

Sobre la Diócesis de Zamora

Hasta comenzar el siglo X, en que aparece el obispo san Atilano, las noticias son muy confusas. En esta centuria se sufre la invasión árabe, llevada a cabo por los califas Abderramán III en 939, en que se libró la batalla de “El foso de Zamora”, y Al-Haken, en 963. Tras los ataques de 981 y 984, la plaza de Zamora cae bajo la dominación árabe en 986 y en ella se instala una guarnición musulmana. Posteriormente es devuelta, mediante un pacto, a Bermudo II. Pero hasta 1121 no se restablece la sede.

Por entonces se suscitó un largo pleito entre el arzobispo de Braga (Portugal) y el de Toledo sobre la jurisdicción que cada uno invocaba como metropolitano, en relación al Obispado de Zamora. El primero alegaba ser territorio situado al norte del río Duero, algún tiempo agregado a la Diócesis de Astorga. Y el segundo pretendía fundamentar su defensa en la consagración que había hecho del obispo de Salamanca, Jerónimo de Perigord, que ejercía funciones episcopales en Zamora.

El litigio lo resolvió en 1120 el papa Calixto II, declarando al prelado de Zamora exento de cualquier metropolitano. Más tarde, en el pontificado de Eugenio III, insistió en su reclamación el arzobispo de Braga, obteniendo este letras pontificias en favor de su pretensión, que confirmaron los pontífices Adriano IV y Alejandro III.

El arzobispo de Santiago, que tenía en su metrópoli al de Salamanca, reclamó posteriormente sus derechos sobre Zamora, ya que ambas habían pertenecido a los metropolitanos de Mérida, de los que eran sus sucesores los compostelanos, dictándose resolución a favor de estos últimos por Inocencio III.

Desde finales del siglo XI hasta los comienzos del XIII tomó un enorme impulso la construcción de templos en esta diócesis y son numerosos los que se alzaron en la capital en estilo románico, de los que aún subsisten más de 20 en diverso estado de conservación. El rey Alfonso VII fue uno de los mayores propulsores de estas iglesias; y a él se debe la iniciación, en 1151, de las obras de la Catedral, con su singular cúpula bizantina, consagrada en 1174, así como el restablecimiento definitivo e ininterrumpido de la diócesis por bula del papa Calixto II.

Las medidas desamortizadoras del siglo XIX supusieron la desaparición de bellísimos monasterios de la diócesis. 

Por el Concordato de 1851, pasó esta diócesis a depender del metropolitano de Valladolid, a la vez que se suprimía la Colegiata de Toro. 

El obispo actual

Fernando Valera fue nombrado obispo de Zamora el 30 de octubre de 2020. Recibió la ordenación episcopal y tomó posesión de la diócesis el 12 de diciembre de ese año.

En la CEE, Valera es, desde abril de 2021, miembro de la Comisión Episcopal para el Clero y Seminarios.

La Diócesis en la actualidad

En la actualidad, la Diócesis de Zamora se encuentra dividida en 140 parroquias, que se agrupan en 10 arciprestazgos.

Cuenta con una extensión de 10.559 km^{2 y} unos 155.000 fieles.

El patrón de la Diócesis es el obispo san Atilano.